Cikal bakal berdirinya STT Katharos Indonesia diawali dengan program Kelas Alkitab Kabar Baik pada tahun 2007 yang bekerja sama dengan Sinode Gereja Kabar Baik Indonesia, yakni program sertifikat untuk membina, melatih dan mengutus anggota jemaat, karyawan/ti, kaum profesional dan ibu rumah tangga menjadi pelayan Tuhan. Oleh karena jumlah yang ikut belajar semakin bertambah dan ingin meningkatkan mutu pengetahuan teologi serta mempertimbangkan saran dan usulan Pdt. John Wenda, M.Th (Gembala KINGMI di Papua) agar memiliki sebuah pendidikan teologia formal guna mempersiapkan generasi muda-mudi yang berasal dari daerah Papua untuk dididik menjadi hamba Tuhan, maka pada tanggal 02 Mei 2011 program Kelas Alkitab Kabar Baik secara resmi ditingkatkan statusnya menjadi SEKOLAH TINGGI TEOLOGI, yang didirikan bersama oleh Pdt. John Wenda, M.Th, Pdt. Dr. Adolf Bastian Butarbutar dan Priska Nurhayati, M.Pdk
STT Katharos Indonesia dari doa dan visi Amanat Agung Kristus, yakni memberitakan perbuatan-Nya yang besar dan ajaib ke segala bangsa, secara khusus menjangkau Indonesia bagi Kristus dengan cara mendidik, membentuk dan melatih sebanyak mungkin hamba Tuhan untuk diutus dalam pelayanan ke berbagai daerah di Indonesia dan Luar Negeri (Matius 28:19-20; 2 Timotius 4:2).
STT Katharos adalah lembaga pelayanan penginjilan dan pendidikan teologi yang bekerjasama dengan semua gereja (Interdenominasi) dan sekolah-sekolah atau lembaga yang memiliki visi pelayanan Kristus.
Secara struktural STT Katharos Indonesia berada naungan Yayasan Yosafat Indonesia dengan Akte Notaris No.:42.24.06.2011 dan SK Kemeterian Hukum dan Hak Asasi Manusia No.: AHU-AH.01.08-702 dan dibawah asuhan Kemah Injil Gereja Masehi Indonesia (KINGMI) Jemaat Imanuel.
STT Katharos Indonesia jugan telah memiliki Ijin Penyelenggara Kementerian Agama RI Dirjen Bimas Kristen No. : DJ.III/Kep/HK.00.5/367/2011 (Prodi PAK) dan DJ.III/Kep/HK.00.5/369/2011(Prodi Teologi-Kependetaan).
Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama telah Memberikan Perpanjangan Ijin Penyelenggara Program Stratum Satu Program Studi Teologi Kependetaan No. : DJ.IV/Kep/HK.00.5/272/2016 dan Program Studi Pendidikan Agama Kristen No. : DJ.IV/Kep/HK.00.5/271/2016
Perpanjangan Ijin Program Stratum Dua Program Studi Pendidikan Teologi Kependetaan No. : DJ.IV/Kep/HK.00.5/274/2016 dan Program Studi Pendidikan Agama Kristen No. DJ.IV/Kep/HK.00.5/273/2016.
STT Katharos Indonesia Bekasi telah mendapat pangakuan Nasional, yaitu telah Terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Stratum Satu Program Studi Teologi Kependetaan SK No. : 004/SK/BAN-PT/Akred/S/I/2015 dan Program Studi Pendidikan Agama Kristen SK No.: 478/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2014.
Program Stratum Dua Program Studi Pendidikan Agama Kristen SK No.: 1177/SK/BAN-PT/Akred/M/IV/2017.