Sejarahnya, Candi Cetho merupakan peninggalan kerajaan Hindu yang ada di Indonesia. Bahkan. hingga kini, banyak umat Hindu yang kerap melakukan aktivitas keagamaan di candi ini. Anda pun tidak perlu terkejut jika saat menyambangi tempat ini akan mendapatkan berbagai sesajen sebagai bekas ritual yang dilakukan umat Hindu.
Penemuan Candi sendiri dilakukan oleh arkeolog dari Belanda bernama Van de Vlies di tahun 1842. Kondisi Candi Cetho ketiak pertama kali ditemukan tergolong sangat memprihatinkan. Ada 14 teras dengan kondisi bebatuan yang telah tertutup oleh lumut.
Lantas, pemugaran dilakukan di tahun 1970 ketika Presiden Soeharto tengah menjabat. Pemugaran dilakukan oleh asisten pribadi presiden yang bernama Humardani. Berdasar pada penelitian, Candi tersebut diperkirakan dibangun di tahun 1451 hingga 1470 ketika Raja Brawijaya V Majapahit berkuasa.Candi ini dibangun dengan tujuan untuk ritual tolak bala serta ruwatan karena di masa ini, terjadi kerusuhan dan permasalahan di Kerajaan Majapahit.